菌的种类有细菌、真菌等。有益的可供食用，比如木耳、银耳、桂花耳、冬菇等，工业用如酵母菌，或医药用如麦角等。有害的，特指能引起人、畜等生病的病原菌，如葡萄球、结核杆等。