石菖蒲和水菖蒲的区别主要有三个。前者为深绿色，线形，长20-50厘米。后者颜色稍浅，绿色，剑状线形，较长，90至150厘米。前者为白色，后者为黄绿色。前者为圆形圆柱形，灰褐色或褐色。后者较厚，颜色较浅。

叶片差异

石菖蒲叶色深绿色，线形，长约20-50厘米，基部折成两半，中间平展。

水菖蒲颜色稍浅，绿色，剑状线形，较长，约90~150厘米。

花朵差异

石菖蒲为三棱花序，长约4-15厘米，肉圆锥花序为圆柱状，上部直立或稍弯曲，尖锐，花色为白色。

水菖蒲花序稍平，肉圆锥花序近直立或斜向上，在狭窄的圆柱体中，花的颜色为黄绿色。

根茎差异

石菖蒲根部呈扁柱状，长约3~20厘米，直径0.3~1厘米，表面颜色较深，灰褐色或棕褐色。

水菖蒲根比前者粗，直径约1-1.5厘米，分枝少，颜色较浅，白色较浅。