凤丹叶无分叉，牡丹叶分为三胞胎。凤丹根系统不发达，牡丹根系发达，须根发达。凤丹枝直枝少，芽间距离长，牡丹曲枝多，芽间距离短。凤丹白单花，牡丹花颜色大。凤丹可以结出种子，牡丹只开花，不结子。

叶子不同

开叶后，凤丹的叶子不分叉，牡丹的叶子基本上分成三胞胎。

根系不同

凤丹的根肉质根很明显，根系不发达，牡丹根系发达，有许多须根。牡丹的根系是牡丹。

分枝不同

凤丹枝条相对较少，长也较直，每一芽之间的距离较长，当秋杆直径变空时，也容易剥落；牡丹枝条多，长不很直，有稍微弯曲的现象，芽间距很短，枝条不易剥落，相对平滑。

花朵不同

凤丹是一朵白色的花，牡丹花长得很大，但是花的颜色不同，有很多种颜色，如白、粉、黄等。

结种不同

凤丹会结出种子，也就是凤丹会开花结出果实；牡丹一般不结籽，花朵越好，种子越少，也就是说，只有花不结果实。